O curso de Fisioterapia da ACE foi o primeiro a ser implantado em Santa Catarina, iniciando suas atividades em 1985 juntamente com o curso de Terapia Ocupacional.

Programas de iniciação científica e aperfeiçoamento acadêmico, atividades de extensão como jornadas, ciclos de estudos, oficinas, ações sociais, feiras, palestras e campanhas fazem parte das atividades complementares do curso, que possibilitam ao acadêmico contato permanente com o mercado de trabalho.

O curso conta com o Laboratório de Anatomia e os Laboratórios de Neurologia e Cinesiologia, e de Eletroterapia e Dermatofuncional. Durante o ano letivo o curso desenvolve as AIF, Atividades Integrativas de Fisioterapia, que integram diferentes disciplinas e seus diferenciais teóricos a partir do estudo de um caso comum.

Para as turmas dos primeiros, segundos e terceiros anos as atividades são desenvolvidas nas frentes de estágio com as visitas técnicas. Já com os acadêmicos do quarto ano as atividades abordam as avaliações de temas comuns aos vários módulos de estágio.

As áreas de estágio supervisionado são: Distúrbios Músculo-esquelético, Neurologia Adulta (ambos na Clínica de Fisioterapia da ACE), Neurologia Infantil (APAE), Saúde Coletiva (ACE), Cardio-respiratório e Enfermagem Geral no Hospital Municipal São José e Hospital Regional Hans Dieter Schimidt.